微生物環保移動廁所的工作原理是通過將尿液和糞便分離，以及微生物降解技術，將糞便在加入了菌種載體的發酵容器中，進行一系列的攪拌、去臭，發酵、分解，然后轉化為二氧化碳氣體、水蒸氣、還有少量氮氣、氨氣排放到空氣中。最后生成的殘渣部分，大約占發酵前的百分之6左右，他們是無毒、無臭的固體殘渣，適合農作物生長的有機肥料；同時處理后的小便可以直接排放或澆灌花草。

環保公廁的系統原理是將加入一定量發泡劑的水變成水體泡沫來封堵洗滌潔具;此潔具外形與普通潔具基本一樣,其內部結構及使用原理完全不一樣.環保節水排污量少,一個潔具連續工作一天小于4升水;泡沫覆蓋潔具內部,廁間無臭味、無蚊蠅;發泡劑中含有芳香劑和安全消毒劑,對大小便器具有自動消毒、釋放出水果型香味.泡沫覆蓋免沖洗,避免了一些如廁者不沖廁,廁間惡臭的難題;智能控制,長時間無人使用時,泡沫也不會長高.

環保廁所的建設要嚴格執行工程報建、施工監管、竣工驗收、投資決算、備案歸檔等建設程序，確保環保廁所建設質量和標準。要按照規劃布局和城市建設進程，及時新建和逐步改造城市環保廁所。因舊城改造、道路拓寬等原因拆除移動廁所的，須報經環境衛生主管部門審批，應堅持先建后拆，特殊情況要落實重建資金還建措施，確保環保廁所的重建。在拆遷和重建過程中，應設立臨時環保廁所，明確環保廁所還建日期，并向社會公示。

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