對研發和質檢實驗玻璃器皿進行清洗是為了防止器皿上殘留的輔料、中間體或者藥品污染和交叉污染很重要的手段，實驗結束后會殘留若干輔料和微生物，微生物在適當的溫度下以殘留物中的有機物為營養可大量繁殖，產生各種代謝物，從而大大增加殘留物的復雜性和危害程度。顯然如果這些殘留物的原料微生物和其代謝物進入下批次質檢實驗，擾對分析物的檢測，導致實驗數據不準確。

清洗的潔凈度   
嚴格意義上說，絕對的不含任何殘留物的清潔狀態是不存在的，在制藥實驗室中，清潔的概念是指被清洗的物品上的各種殘留物，包括微生物和代謝物的總量是低到不至于影響下批次實驗對分析物的測試和實驗數據的準確性。通過有效的清洗，可將上批次實驗殘留在玻璃器皿上物質減少到不會影響下批次實驗的程度。而且提供可標準化，可以重復性和可追溯性的清洗結果。

有效清洗  
有效清洗的目的就是去除上批次實驗留下來的污染物，創造了不利于微生物繁殖的客觀條件，便于將器皿中的微生物污染控制在一定的水平。有效清洗，首先是界定污染物的性質（化學屬性、粘稠度、污染程度），其次是要界定清洗物品的結構、材質。最后來選定清洗的方式，其中包括清洗的方式、清洗劑的種類和濃度、清洗時間、溫度、清洗次數等，當然需要考慮污染后等待清洗最長時間以及清洗效果確認后存放最長時間。

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