商業保理相較于銀行保理，其發展速度比較緩慢，但是隨著市場經濟的發展和商業信用的普遍推廣，以及商業保理公司的數量增加，金融機構急需加強與商業保理公司合作的體系建設。
商業保理作為服務實體經濟發展的新興貿易融資工具，廣泛滲透到企業業務運作和財務運作等多個方面，成為企業特別是中小企業加快資金周轉，降低融資成本的有效新途徑。2012年10月，商務部下發《商務部關于商業保理試點實施方案的復函》，同意天津濱海新區、上海浦東新區開展商業保理第一批試點城市，眾多企業紛紛試水，商業保理公司如雨后春筍般增加。截止到2013年8月20日，全國共有137家商業保理公司，其中天津67家，上海32家。以招商銀行天津分行為例，2012年年底，在該行開戶的商業保理公司僅有8家，而截止到2013年8月已經迅速增加到了48家，資金結算量累計達20億元，呈現高速增長態勢。商業保理相較于銀行保理，其發展速度比較緩慢，但是隨著市場經濟的發展和商業信用的普遍推廣，以及商業保理公司的數量增加，金融機構急需加強與商業保理公司合作的體系建設。
商業保理業體系建設可分為兩個層面，即規范發展層面和有效運營層面。從實踐看，當前商業保理業發展中遇到的具體問題和困難比較多，但從大的方面總結，主要是上述兩個層面建設中存在著較大程度的缺失。
在規劃發展層面，目前的法律針對商業保理應收賬款債權轉讓交易、跨境保理資金結匯、再保理公司的設立等在法律制度上不明晰甚至缺失；另外，目前對商業保理業的監督管理還停留在企業設立商業保理公司的注冊審批層面，對企業實際運營中的監管，特別是企業資金投向的監督、規范以及企業出現違規行為時的依法處置機制還沒有建立起來。
而在有效運營層面問題也十分突出。一是適用于商業保理的信用體系建設還不完備。商業保理的核心是建立在信用基礎上的保付代理業務，但目前適用于商業保理業的信用體系還沒有建立起來，企業在開展保理業務過程中信用風險難以防控，同時由于信用體系的缺失，銀行在承接保理公司業務時也缺乏安全感，給保理公司開展業務帶來較大困難。二是企業的風險內控體系還不完備。很多新成立的商業保理公司，僅憑傳統業務關系對被保理企業的了解開展商業保理業務，對于如何有效防范風險還沒有形成制度化的機制。一些公司缺乏明確的風險防控設計和規法，業務隨意性大，真正能做到專業化經營、合理控制風險的能力較差。三是企業開展商業保理業務的知識和方法手段缺乏。目前許多企業對保理業務的認識模糊，多數企業將其作為融資平臺，業務停留在融資層面，而對真正發揮保理公司作用，通過保理業務整合企業流程、加速資金周轉、降低運營成本、促進資金使用效益最大化的研究不深入、不明晰，保理公司的戰略定位不明晰，其作用難以真正發揮。四是缺乏專門人才。企業自身缺乏專業人才，在社會上也難以找到真正熟悉保理業務的人才。而目前除天津南開大學、財經大學等少數幾家大學剛剛開設保理專業外，高等院校成建制的商業保理管理本科和研究生教育寥寥無幾，也沒有相應的教材和教師，人才短缺已成為制約保理行業發展的一個關鍵問題。
商業保理業發展過程中存在的風險是客觀的、現實的，應該在發展過程中加以解決，絕不能以限制甚至禁止設立商業保理公司為主要措施，而應順勢而為，在繼續穩步推進商業保理業規模發展的同時，加快商業保理體系建設，盡快構建商業保理企業規范運營的“高速路”，使商業保理業在規范有效的體系框架內運行。
商業保理企業的健康發展離不開金融的支持，商業保理市場的做大，也需要金融企業與商業保理公司的全面合作。
商業保理公司應與銀行、證券公司、基金公司、風投、金融交易所、保險（放心保）機構等機構積極對接，銀行等金融機構也應清醒看到商業保理業務的巨大潛力，積極開展產品創新、組織創新，加強為商業保理業務服務，雙方在互助互利的同時實現雙贏。
目前招商銀行、中信銀行、平安銀行等多家銀行建立了專業保理機構，專門研究開拓商業保理業務以及如何與商業保理公司合作。招商銀行為開展國際保理業務專門開發了保理業務管理系統，并經過多次升級與改造，在業內一直處于領先水平，實現了與企業網銀和國際保理商組織（FCI）的數據通訊平臺（***）之間的無縫對接，覆蓋了保理業務全流程及產品，大大提升了業務處理的能力和效率，同時也為保理業務進一步創新、實現精細化管理及防范風險奠定了基礎。
另外，證券公司、基金公司在與商業保理公司合作方面，應專為保理公司量身設計、發行定向資產管理計劃、集合資金信托計劃、中小企業私募債、資產收益權憑證等融資產品和通道業務，實現雙贏。
商業保理是緩解中小企業融資難、支持實體經濟發展的有效途徑。盡管商業保理業務規模與銀行保理相去甚遠，但商業保理潛力無限，如果各方共同努力，商業保理無疑會做大、做強。